В сложившейся ситуации нет смысла ждать окончания. Опыт показывает, что если за это время операция не закончилась, то большая вероятность, что и дальше будешь у моря ждать хорошей погоды. Твои действия такие: загружаешься с любого LiveCD и пререносишь с системного диска ценные для тебя файлы (если они есть) на другой раздел или носитель. Затем делаешь чистую установку системы с обязательным форматированием системного раздела.
Ещё раз напоминаю, в который уже раз, делайте резервную копию системы (я использую очень удачную, на мой взгляд, программу AcronisTrueImage). не ленитесь, тогда за какие-то 10 минут восстанавливается система на момент создания образа и можно сразу работать. При переустановке неизбежна значительная потеря времени на установку драйверов, нужных программ.. Ну, вообщем, мораль ясна -- делайте выводы.